Con carácter general, se ha seguido en el borrador de Anteproyecto LGT la recomendación contenida en el Informe 2001, de remitir la regulación de los aspectos procedimentales relacionados con la cuantificación del tributo (en especial, con la determinación de la base imponible) al Título III dedicado a su aplicación. Es el caso de materias tales como el procedimiento para la aplicación de la estimación indirecta o para la comprobación de valores. No obstante, la coherencia y el afán sistematizador de los Títulos dedicados al Derecho Tributario material exigen la inclusión de los aspectos sustantivos de ambas cuestiones en la sección del Capítulo III del Título II reguladora de los elementos de cuantificación de la obligación tributaria principal.

La sección se abre con un precepto en el que se introduce un concepto de base imponible, superándose un defecto de la vigente LGT denunciado en repetidas ocasiones. Dada la proyección bidireccional de la base imponible, en atención a su relación con el hecho imponible y con la cuota tributaria, caben dos opciones a la hora de definirla. De ellas, la Comisión aconseja incorporar la que especifica la relación conceptual entre la base y el hecho imponible. Ello permite la coexistencia entre bases imponibles dinerarias y no dinerarias, en función de la naturaleza de la magnitud en que deba expresarse el resultado de la medición o valoración del hecho imponible. Esta última, por referencia a magnitudes o unidades distintas del dinero, aunque no sea el criterio general, es admisible si guarda una conexión lógica con la definición del elemento objetivo del hecho imponible del tributo. Conexión que no sólo es viable en algunos tributos sino que, en ocasiones, puede ser, incluso, la opción óptima (ejemplo: en tributos con fines extrafiscales).

En cuanto a los métodos de estimación, la Comisión considera conveniente mantener el contenido esencial del art. 47 de la LGT pero depurando la terminología empleada, a fin de superar los defectos reiteradamente advertidos en dicho precepto en torno a la mención simultánea a "medios", "métodos" y "regímenes". De este modo se clarifica la norma según la cual, sencillamente, la base imponible podrá determinarse por los métodos de estimación directa, objetiva e indirecta. El precepto se perfecciona con una alusión al carácter preferente de la estimación directa y a la subsidiariedad que legitima la aplicación de la indirecta. La regulación de los aspectos sustantivos de ésta última (supuestos de aplicación y medios a emplear por la Administración para la determinación de la base) se mejora respecto a la vigente, en la medida en que, por un lado, se suple la carencia legal relativa a los supuestos de desaparición o destrucción de libros y justificantes por causa de fuerza mayor. Por otro, se acomoda el proceso lógico de aplicación a las líneas marcadas por la jurisprudencia en las últimas décadas.

El borrador de Anteproyecto LGT continúa con otro precepto tradicional, de carácter marcadamente didáctico, que permite encuadrar las bases liquidables, surgidas en la normativa reguladora de las distintas figuras tributarias, en el concepto general que queda definido por referencia a la magnitud resultante de practicar, en su caso, en la base imponible las reducciones establecidas en la ley. Obviamente, en los supuestos en que la misma no prevea la práctica de reducciones, ambas bases coincidirán. Se enlaza así con los artículos dedicados a los tipos de gravamen y las cuotas tributarias.

Los primeros responden a una definición sencilla y genérica, en función de sus efectos sobre el cálculo de la prestación. Así, se consideran como la cifra, coeficiente o porcentaje que se aplica a la base liquidable para obtener como resultado la cuota íntegra. También a efectos didácticos, se alude a su posible carácter específico o porcentual, a fin de utilizar conceptos que resulten válidos en relación con todo tipo de base liquidable. Con la misma finalidad, se emplea el concepto de tarifa para identificar las agrupaciones de tipos de gravamen. Como en los demás casos que operan sobre los elementos de cuantificación, se ha seguido la recomendación de incorporar una norma genérica de remisión que reconoce la aplicación de tipo cero, tipos reducidos o bonificados en función de las circunstancias previstas en cada caso.

En consecuencia, el concepto de cuota tributaria aparece referido a los modos de determinación de la prestación tributaria. Cuando ésta venga establecida normativamente, la cuota tributaria será la cantidad fijada en la Ley de cada tributo y, en los demás, la resultante de aplicar tanto el tipo de gravamen a la base liquidable como de los elementos de cuantificación previstos en cada caso. Esta última precisión viene a otorgar cobertura en el borrador de Anteproyecto LGT a aquellos supuestos en los que su determinación no corresponde a los arquetipos tradicionales (cuota fija/cuota variable). El ejemplo paradigmático, en nuestro sistema tributario, es el cálculo de la cuota en el régimen simplificado del Impuesto sobre el Valor Añadido. La utilización de una fórmula general que permita cubrir con mayor holgura los sistemas de cuantificación existentes, incorporando expresamente la previsión de que la estimación indirecta se aplique para la determinación de cuotas tributarias, supone sin duda una mejora respecto a la situación anterior, siguiendo una de las premisas básicas de la reforma para la adecuación de la LGT a la vigente ordenación del sistema tributario.

En la misma línea se ha recogido la distinción entre los conceptos de cuota íntegra, cuota líquida y cuota diferencial. Por razones sistemáticas el borrador de Anteproyecto LGT introduce una norma genérica que reconoce el establecimiento de bonificaciones y deducciones aplicables sobre la cuota íntegra. En coherencia con lo anterior, el concepto de cuota líquida viene referido a la cantidad resultante de aplicar sobre la íntegra las citadas bonificaciones y deducciones, cuando procedan. Por último, se ha considerado conveniente que la LGT contemple el concepto de cuota diferencial por referencia a la cantidad resultante de aplicar sobre la cuota líquida los ajustes por deducciones, pagos fraccionados, retenciones, ingresos a cuenta y cuotas, conforme a la normativa de cada tributo.

El Capítulo se cierra con una sección de un solo precepto y que remite los elementos de cuantificación de las obligaciones tributarias cuenta a las normas generales sobre elementos y métodos establecidas para la obligación tributaria principal