Una de las carencias más significativas que presentan los Juzgados Penales de Ejecutorias es la ausencia de un sistema informático propio que permita controlar las distintas fases procesales de los procedimientos.

Se considera necesaria e imperiosa su pronta implantación. Tal sistema, a juicio de este Servicio de Inspección, y atendiendo a las Propuestas relativas a los problemas y necesidades de los Juzgados de Ejecuciones Penales de diciembre de 2005, debería establecer una serie de alarmas, de modo que se generasen avisos automáticamente como consecuencia del proceso de tramitación de la propia ejecutoria. El objetivo de tales alarmas consistiría en prevenir al Magistrado, al Secretario Judicial y a los propios Funcionarios encomendados del expediente de determinadas situaciones que se producen durante la vida de la ejecutoria, destacando como más relevantes las siguientes: Prescripciones de Buscas y Capturas, Liquidaciones de penas privativas de libertad, Licenciamientos de penas privativas de libertad, Suspensiones de  penas privativas de libertad, Extinción de privaciones de otros derechos, Incumplimientos de pago de penas económicas, Abonos completos de penas económicas, entre otras.

Igualmente, se considera imprescindible que tal aplicación informática permitiese la obtención de cuantos listados o informes sean necesarios, agrupándolos de la siguiente forma: